Le livre porte sur les bactéries et les liens que l'humain entretient avec elles, soit dans son environnement naturel - notamment dans les sols et en agriculture - soit à l'intérieur de son propre organisme (microbiote).
Les microbiotes sont arrivés assez récemment sur le devant de la scène : on parle désormais de microbiome, qui désigne l'ensemble de microbiotes considérés séparément. Le livre propose un état des lieux très informé des connaissances développées récemment dans ce domaine du monde bactérien. Outre la dimension historique et évolutionniste, on y trouve les derniers développements de l'agroécologie et ceux de la médecine exploitant les propriétés du microbiome, avec les espoirs qu'elle suscite. Le tour d'horizon des connaissances sur les bactéries est passionnant par son côté concret : il est guidé avant tout par les conséquences pour l'homme des nouveaux savoirs sur les microbes.
L'idée centrale déclinée dans toutes sortes de domaines peut se résumer ainsi : « le plus souvent, on analyse séparément les microbiomes du sol, des plantes et de l'intestin humain. Or cette séparation est artificielle et n'a de sens que si l'on en reste à une représentation figée à l'échelle humaine. Dans la réalité biologique, le monde bactérien ignore les frontières de la plante ou de l'organisme : les microbiomes constituent une seule entité continue et intégrée et doivent être étudiés comme tels. [...] » (C.B.)
Le livre montre que les bactéries, souvent perçues comme des menaces pathogènes, sont bien davantage des alliées et que nous devons en faire des solutions. Elles peuvent renouveler la médecine comme l'agriculture et sont une source d'espoir face aux dégradations de l'environnement et des sols. Grâce à elles, nous pouvons nous porter mieux.
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