La réponse de la plante dépend de l'approvisionnement en oxygène de la solution nutritive, de la température perçue tant niveau des parties aériennes qu'au niveau racinaire et de la lumière de l'environnement. La présence d'une microflore dans la solution nutritive provoque une dégradation des molécules d'intérêt et altère leur accumulation dans la plante. Par contre, Agrobacterium rhizogenes a un effet favorable sur la croissance et la biosynthèse de métabolites secondaires dans la plante. L'état transgénique des racines, issues de co-culture hydroponique de Datura innoxia avec Agrobacterium rhizogenes TR7, a été mis en évidence par des tests précoces puis, confirmé par des analyses moléculaires. Nous avons montré des modifications du phénotype racinaire induites par l'interaction plante-microorganisme. L'inoculation des agrobactéries peut donner lieu à des transferts naturels de gènes induisant ainsi l'obtention d'un pool racinaire chimérique regroupant des racines normales et des racines transformées, à obtenir une biomasse riche en molécules recherchées.
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