La biologie reconnaît deux entités dont l'existence semble une donnée immédiate de la perception et non une élaboration théorique ou le résultat d'une démarche expérimentale. Ce sont l'espèce et l'individu, dont on cherche à expliquer la genèse et le fonctionnement. Cette reconnaissance structure la biologie dans ses champs disciplinaires et dans ses théories. Elle aboutit à une séparation entre les disciplines qui concernent l'espèce (les sciences de l'évolution, la systématique...) et celles qui expliquent l'individu (l'embryologie, la physiologie...). De ce fait, l'évolution des espèces et le développement des organismes individuels sont considérés comme deux phénomènes qui, ayant des causes distinctes, nécessitent des approches séparées. Lors d'une série de conférences tenues en 2011, l'auteur soutient que cette manière de scinder la biologie n'est plus tenable au regard des données expérimentales acquises récemment. Il propose une nouvelle théorie dite de l'ontophylogenèse qui unifie la biologie : l'évolution des espèces et le développement embryonnaire résultent d'un seul processus de sélection naturelle étendue.
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