Ce travail visait à caractériser la diversité génétique et établir les relations phylogénétiques entre les sous populations de cobayes de la zone agroécologique à pluviométrie bimodale du Cameroun. Pour cela, l'ADN génomique a été extrait sur 110 échantillons de sang de cobayes choisis en fonction de la variabilité phénotypique, de la disponibilité des éleveurs et de l'accessibilité aux élevages. L'étude a été menée en utilisant 16 marqueurs microsatellites SSR. Les principaux résultats montrent un total de 11 allèles au sein de la population. Environ 3% de la diversité génétique est imputable à la variation entre les populations et le reste dû aux différences entre individus au sein de la même population. Le taux d'homozygotes est élevé dans cette population et le Coefficient de consanguinité positif. Le contenu en information polymorphique moyen et le flux génétique très élevé pourraient présager une perte de la diversité génétique qui conduirait à une réduction des opportunités futures de l'amélioration génétique du cobaye. La structure de la population ainsi que l'arbre phylogénétique ont permis de mettre en évidence l'existence de trois populations génétiques distinctes.
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