La variabilité génétique du virus de l'hépatite C (VHC) pose un réel problème aussi bien dans la prise en charge des patients chroniquement infectés que dans la conception du vaccin. Au Maroc, la caractérisation génétique des souches circulantes de ce virus reste mal documentée. Le but de ce travail est donc d'étudier la variabilité génétique des souches VHC circulantes au Maroc, leur dynamique d'évolution au cours du temps et d'identifier les mutations dans la région codant la protéine de la capside. Après séquençage et analyse phylogénétique portant sur les régions de la capside et NS5B, nous avons constaté que les deux sous-types majoritaires (1b et 2i) sont plus proches de ceux identifiés en Europe et en Afrique du nord. Le sous-type 1b semblerait plus fréquent (84,4%) chez les patients présentant un cancer primitif du foie. De plus, l'analyse bayésienne des deux sous-types prédominants a montré que l'ancêtre commun le plus récent datait de 1910 pour le sous-type 1b et de 1854 pour le sous-type 2i. Les mutations dans la région codant la protéine de capside R70Q et/ou L91M ont été détectées chez plus d'un quart des patients infectés par le VHC de sous-type 1b.
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