La théorie des perturbations canonique est un outil très intéressant en physique moléculaire. Elle consiste en une série de transformations canoniques (ou unitaires en mécanique quantique), qui ont pour but de réécrire l''Hamiltonien sous une forme plus simple (c''est à dire avec autant de constantes du mouvement ou de bons nombres quantiques que possible) sans modifier la dynamique de la molécule. Cependant, cette méthode ne pouvait s''appliquer, dans le domaine des états vibrationnellement excités, qu''aux mouvements autour d''un seul minimum. C''est pourquoi seules les molécules rigides décrites par une seule surface électronique non couplée avaient pu être étudiées. Nous avons développé deux versions modifiées de cette théorie, la première s''appliquant à des systèmes non-rigides avec plusieurs positions d''équilibre et la seconde à la dynamique non-adiabatique. Finalement, nous montrons que les Hamiltoniens effectifs, obtenus par théorie des perturbations, simplifient grandement l''étude de la dynamique en termes de bifurcations classiques et d''orbites périodiques.
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