Ce volume fait suite au volume 1 qui a entrepris de redessiner les grandes figures du débat entre sciences, raison et religion en France au XIXe siècle, ainsi que les modalités de ce débat. Après Renan, on a l'impression que la rupture entre Église et science est inévitable et quasi consommée et que les années 1850 commencent sur fond de conflit général. D'un côté, les épanchements dévots et « mystiques » devant le doux Jésus, la multiplication des apparitions (Lourdes, Pontmain), le Syllabus; de l'autre, un progrès fulgurant des sciences et une masse de scientifiques prestigieux qui passent pour agnostiques quand ils ne sont pas athées.Les choses ne sont pas si simples et cette seconde partie veut montrer que les catholiques ont aussi participé au mouvement scientifique de la fin de la première et de la seconde révolution industrielle; ils sont présents dans de nombreux domaines scientifiques, mais surtout dans les sciences naturelles (botanique, zoologie, géologie). Ce n'est pas un hasard : à la fin du XIXe siècle, ces sciences sont peu professionnalisées et encore très descriptives. Elles demandent peu de moyens techniques, économiques ou institutionnels, elles ne réclament pas forcément de travailler avec une université honnie par l'Église (du moins dans le contexte français) ni de s'impliquer quotidiennement dans un laboratoire et dans une profession scientifique. Ces chrétiens, en particulier les prêtres et les religieux, ont de réelles qualités scientifiques et tiennent une place intermédiaire entre les érudits-amateurs et les scientifiques professionnels ayant une reconnaissance institutionnelle. Ils sont souvent peu soutenus par la hiérarchie catholique, laquelle éprouvera, à quelques exceptions près et jusque vers 1920-1930, une réelle frilosité par rapport aux progrès scientifiques, quand ce n'est pas une hostilité face aux scientifiques eux-mêmes. Nous intégrerons dans ce tableau des travaux d'hommes d'Église en sciences au XIXe siècle, un portrait de quelques prêtres scientifiques qui eurent un rôle dans la diffusion du savoir à cette époque (l'abbé Moigno, par exemple, qui n'est d'ailleurs pas incritiquable dans son attitude vis-à-vis des sciences); nous parlerons aussi des abbés paléontologues, cette science ayant mobilisé le savoir et le talent de nombreux prêtres séculiers à la fin du XIXe siècle et au tournant du XXe siècle où les travaux des abbés Breuil et Bouyssonie (qui ne sont alors qu'au début de leur carrière) annoncent un avenir prometteur de la discipline. Nous faisons aussi le choix de mobiliser un ensemble de recherches sur une congrégation souvent méconnue et que l'on relègue volontiers à l'enseignement primaire, faisant là une lourde erreur historique les Frères des Écoles chrétiennes dont nous évoquerons à la fois la participation au développement économique et social, en donnant l'exemple de leur rôle dans la création de l'enseignement supérieur agricole, et les recherches en botanique (Frère Héribaud-Joseph, Frère Sennen), en géologie (Frère Ogérien), etc. Il s'agit là d'un exemple ayant pour but de valoriser la participation d'une congrégation enseignante au développement des sciences et des techniques au XIXe siècle.
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