Tuber melanosporum, ou truffe noire du Périgord, et Tuber brumale sont deux espèces morphologiquement proches, parfois confondues. Tandis que T. melanosporum est devenu plus rare en milieu naturel et difficile à cultiver en plantation, T. brumale a profité de ses capacités d'adaptation pour envahir les sites de production traditionnels du T. melanosporum. L'observation des arbres producteurs du T. melanosporum ou du T. brumale a permis de noter des différences au niveau des brûlés et de leur flore, avec des anomalies dans l'expression de la virulence du T. melanosporum. Ces éléments confortent l'idée que les pratiques culturales modernes en trufficulture perturbent l'établissement des conditions favorables à la fructification du T. melanosporum. Le travail mécanisé du sol peut entraîner un désordre dans l'organisation fongique sous les arbres truffiers qui profite à T. brumale. La fermeture du milieu, par suite de l'abandon du pastoralisme, est aussi à l'origine d'un boisement défavorable au T. melanosporum. La maîtrise de la compétition du T. brumale devrait dépendre de choix culturaux judicieux et d'une bonne gestion sur la durée des écosystèmes truffiers naturels ou artificiels.
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