Le Cahier de notes de Claude Bernard, connu sous le nom de Cahier rouge, est enfin publié plus d'un siècle après avoir été écrit. Il couvre la période de 1850-1860. Comment s'est-il constitué ? Chaque fois qu'une idée, suivant l'expression de Claude Bernard, «se présentait à sa fenêtre intérieure», il la fixait sur la première feuille de papier qu'il trouvait sous la main. Le soir venu, il résumait ou développait ces notes provisoires en les écrivant dans ses cahiers. Au Cahier rouge il réservait les idées d'ordre général et les considérations sur les problèmes physiologiques de portée générale, d'une orientation nouvelle. Plus que dans ses autres écrits il aborde certaines questions philosophiques. Il y discourt sur l'Être suprême, la théologie, le libre arbitre. Les notes scientifiques, dans le sens strict du mot, sont au moins aussi passionnantes que les notes philosophiques. Elles n'ont rien perdu de leur intérêt. Le Cahier rouge éclaire de façon inattendue la personnalité de Claude Bernard et la vision de la science et du monde qu'avait ce penseur infatigable.
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