Ce travail répond à une problématique suscitée par la critique génétique. Cette discipline étudie la genèse des oeuvres littéraires grâce aux brouillons d'écrivains en recherchant, entre autres, les déplacements entre deux versions d'un même texte. Ceci nous a amené à définir la problématique de l'alignement textuel monolingue avec recherche de déplacements. D'un point de vue informatique, nous avons mis à jour la nécessité de calculer un alignement entre deux textes de type distance d'édition avec recherche des déplacements, ce qui est NP-difficile. Nous proposons une formalisation en un problème d'optimisation combinatoire multiobjectif intégrant un objectif syntaxique. Un algorithme d'alignement de séquences par fragments est proposé. En bioinformatique, cette technique permet de traiter des génomes de mammifères. Notre algorithme est basé sur la coordination de la résolution des recouvrements entre occurrences d'une répétition. Il résout le problème avec une complexité efficace et passe à l'échelle. Il est maintenant utilisé par les généticiens du texte afin d'étudier les brouillons d'écrivains.
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