Dans les années 90, une équipe de chercheurs travaillant pour une entreprise pharmaceutique est à la recherche de nouveaux échantillons dans le pacifique sud. Mais un des membres et son guide disparaissent mystérieusement. Voulant demander de l'aide à une tribu, l'équipe découvre avec horreur que celle-ci a été décimée. Peu après ils sont attaqués par un garçon mystérieux...
De nos jours à Tokyo, Rin Tachibana est un étudiant sans histoire. Petit fils d'un agent immobilier, il aide une équipe TV à s'introduire dans un appartement où toute la famille s'est suicidée. Mais à la surprise générale, ils sont attaqués par le chef de famille censé être mort. Rin s'enfuit, aidé par un étrange garçon. Blessé, il apprend peu après qu'il est recherché par la police pour l'agression d'un commerçant. Ne comprenant pas ce qui lui arrive, il prend la fuite, mais il est peu après attaqué par son propre clone ! Rin a été infecté par un champignon exotique qui crée un clone non humain de son hôte !
Rin Tachibana a été contaminé par Pandora, une redoutable bactérie d'un genre nouveau, capable d'altérer les cellules de son hôte jusqu'à en générer une copie conforme.
En plus du supplice physique que la bactérie lui fait endurer, Rin connaît le désespoir de voir sa propre copie massacrer son grand-père adoré.
Poursuivi par la police et grièvement blessé, Rin erre dans Tokyo sans savoir que la ville est déjà infestée par ces copies ou « Mushrooms »...
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