L'eau des aquariums n'est pas naturelle, c'est une eau de mer reconstituée. La salinité myenne de l'eau de mer est de 35. Si l'eau de mer n'est pas naturelle, on peut se demander pourquoi tous ces petits animaux sont présents dans les aquariums.
Avant de commencer le peuplement avec de gros animaux, on va permettre aux petits de s'installer, et fabriquer pour cela un milieu de vie aussi équilibré et proche que possible de la réalité. Pour cela, des pierres "vivantes" sont intrtoduites dans l'aquarium. Ce sont les roches prélevées dans le milieu naturel sur lesquelles vivent des algues et de petits animaux. Dans l'aquarium, ils se développent, se reproduisent et colonisent selon leurs préférences leur nouvel environnement, le sable, les algues et les rochers libres. D'autres arrivent par hasard : ils ont voyagé dans l'eau de transport ou sur la peau des spécimens destinés à l'aquarium.
En se développant, les algues vont permettre aux herbivores de se nourrir : les petits brouteurs vont ainsi limiter leur prolifération. Les détritivores mangent les déchets et les résidus de nourriture qui, en trop grande quantité, eutrophisent le milieu en consommant l'oxygène dissous, ce qui favorise la prolifération des bactéries. Les acrnivores limitent le développement de tous les autres.
Malgré tout, l'aquarium n'est pas un système ouvert comme le milieu naturel, il faut le nettoyer, faute de quoi le trop rapide développement des organismes asphyxierait le milieu. Il faut également filtrer et oxygéner l'eau en permanence, en renouveler un tiers environ une fois par semaine et apporter des sels minéraux nécessaires.
Pour observer ces animaux, dont la taille varie de 0,5 mm à 15 mm, on utilise une loupe binoculaire, dont l'avantage est de permettre d'observer des spécimens opaques : l'éclairage peut se faire par dessous - comme pour un microscope - ou par dessus - pour ce qui est épais - ou les deux à la fois ; Une caméra vidéo reliée à un vidéo-projecteur complète le dispositif. L'échelle est donnée par une règle placée sous la loupe binoculaire et l'on peut faire varier le grossissement de l'objectif.
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