Au coeur de la Révolution scientifique, philosophes et naturalistes tentent de concevoir les modèles les plus aptes à rendre compte du vivant.
Les schèmes hérités de l'Antiquité médicale et philosophique sous-tendent encore les théories originales de Van Helmont et de Harvey. Si le mécanisme s'instaure avec le modèle de l'animal-machine chez Descartes, les audaces et les limites du projet cartésien infléchiront toute démarche ultérieure, comme en témoigne la notion spinoziste d'intégration corporelle. Gassendi suggère, pour sa part, d'associer la modélisation mécaniste et la téléologie immanente des processus.
Les néo-platoniciens More et Cudworth évoquent le " principe hylarchique " ou la " nature plastique ", afin de traduire, par-delà les insuffisances du mécanisme, l'émergence des organisations vitales. Lorsque le débat se transpose aux microstructures, Malpighi promeut l'analyse physiologique selon le modèle de " petites machines " diversement combinées et emboîtées ; Glisson attribue la perception et la réactivité aux fibres élémentaires.
Les phénomènes de la génération, que l'on a d'abord expliqués par l'épigenèse, s'interprètent principalement en termes de préformation et de préexistence des germes. Mais, à l'encontre de toute construction hypothétique, Locke privilégie une médecine limitée à l'observation des seuls phénomènes vitaux. La critique du mécanisme suscite en outre les modèles " animistes " de Perrault et de Stahl. En une remarquable tentative, Leibniz repense alors les concepts fondamentaux de la théorie physiologique et suggère les voies d'analyse pour une science de " l'organisme ".
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