Les bactéries halophiles (modérées et extrêmes) ont été isolées à partir de sites hypersalins tels que les lacs et les sols salés aussi bien que des lacs alcalins. La biodiversité taxonomique des microorganismes trouvés dans les environnements hypersalés, est liée essentiellement à la haute concentration en sel. Les microorganismes halophiles sont doués d'une activité métabolique et physiologique intervenant dans la fermentation d'aliments ainsi que dans la transformation et la dégradation des déchets et des polluants organiques des environnements salés. Les bactéries halophiles sont classées parmi les microorganismes modérés dont la concentration du milieu en NaCl se situe entre 0,5 M et 2,5 M alors que les bactéries extrêmophiles poussent dans des milieux où la salinité est supérieure à cette concentration. La diversité microbienne dans les écosystèmes hypersalins au nord et au sud de la Tunisie a été faiblement étudiée. Chott El-Djerid et Sebkhas Sehline, les deux grands lacs salés du pays représentent les sources les plus importantes du sel de cuisine. L'intêret économique de ces régions nous amène à une étude taxonomique des microorganismes qui occupent de tels écosystèmes.
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